現今，口蹄疫疫情的流行呈現非季節性，有多個毒株共同流行。但依然以O型為主，A型散發;而O型，以緬甸98為主，同時伴有新豬毒變異株。
    具體來說，中國流行的O型口蹄疫包括：
1、CATHAY型(中國型)：該拓撲型中的疫苗株包括OR/80、OZK/93、OS/99/s及O/GX/09-7;
2、ME-SA型(中東-南亞型)，俗稱泛亞型;
3、SEA型(東南亞型)：即緬甸98譜系，該拓撲型中的疫苗株包括Mya98/by/2011、O/XJ/10-11。
    所以，豬場免疫口蹄疫疫苗，必須免疫的還是緬甸98型的疫苗，這是最重要的。由于A型口蹄疫為散發，目前農業部還沒有批準豬用A型口蹄疫疫苗，商品化的僅僅為牛A型口蹄疫疫苗，國家口蹄疫參考實驗室提醒：A型口蹄疫流行還不是很多。除了緬甸98，還可以免疫一些新豬毒的疫苗。
    對于A型口蹄疫，如果豬場確實要免疫A型口蹄疫疫苗，那么需要注意：現在A型口蹄疫疫苗是沒有單苗的。目前都是“O+A”的疫苗。如果你已經免疫了O型疫苗，一定要注意好免疫程序，調整好，再去免疫“O+A”。不能出現前兩天剛免疫了一個O型的口蹄疫疫苗，這兩天又再免疫一個“O+A”疫苗，這樣不但不會提高原來的抗體水平，反而可能會把原來的O型抗體抵銷掉。國家口蹄疫參考實驗室建議，如果周邊壓力大的話，可以緊急免疫O+A，但如果周邊壓力不是很大的話，還是慎重考慮。
    當然，發生口蹄疫時，需用使用與流行毒株匹配的病毒型、亞型的滅活苗。使用疫苗的毒株，跟當地流行的越匹配，效果越好。預防口蹄疫，免疫還是最重要的途徑之一。